有三个来源：一是地表径流，邛海周边各溪流及其区域范围的地表径流为邛海补充了大量水源二是大气降水，邛海水面34平方公里吸收着大量大气降水三是地下径流，湖周冲积扇层间有大量地下水，以及少量的喀斯特裂隙水，也为邛海补充了水源。